非复杂性尿路感染80％由大肠杆菌引起，10～15％由葡萄球菌和克雷白氏杆菌引起，仅2～5％是由变性杆菌所致。而复杂性尿路感染的细菌谱则要广的多，大肠杆菌仍为主要致病菌，但许多其它的革兰氏阴性细菌如变性杆菌、沙雷菌属、克雷白菌及假单孢菌属等，均可导致复杂性尿路感染。在糖尿病患者或免疫力低下的患者中，霉菌的感染日益增多。